python3-scipy.spec

   1 # TODO:
   2 # - atlas support
   3 # - tests
   4 #
   5 # Conditional build:
   6 %bcond_without  doc     # Sphinx documentation
   7
   8 %define         module  scipy
   9 Summary:        A library of scientific tools
  10 Summary(pl.UTF-8):      Biblioteka narzędzi naukowych
  11 Name:           python3-%{module}
  12 Version:        1.8.1
  13 Release:        1
  14 License:        BSD
  15 Group:          Development/Languages/Python
  16 #Source0Download: https://github.com/scipy/scipy/releases/
  17 Source0:        https://github.com/scipy/scipy/releases/download/v%{version}/%{module}-%{version}.tar.xz
  18 # Source0-md5:  15c3e57656dbd1626ae33971f2e80ab1
  19 Patch0:         numpy-deprecation-warnings.patch
  20 Patch1:         %{name}-cython3.patch
  21 # https://github.com/scipy/scipy/pull/16646
  22 Patch2:         scipy-pythran.patch
  23 Patch3:         scipy-numpydoc-update.patch
  24 URL:            https://www.scipy.org/
  25 BuildRequires:  blas-devel >= 3.6.0
  26 BuildRequires:  f2py3 >= 1:1.14.5
  27 BuildRequires:  gcc-fortran
  28 BuildRequires:  lapack-devel >= 3.6.0
  29 BuildRequires:  libstdc++-devel >= 6:5
  30 BuildRequires:  python3 >= 1:3.8
  31 BuildRequires:  python3-devel >= 1:3.8
  32 BuildRequires:  python3-numpy >= 1:1.17.3
  33 BuildRequires:  python3-numpy-devel >= 1:1.17.3
  34 BuildRequires:  python3-numpy-devel < 1:1.25
  35 BuildRequires:  python3-pybind11 >= 2.4.3
  36 BuildRequires:  python3-pythran >= 0.10.0
  37 BuildRequires:  python3-setuptools
  38 BuildRequires:  rpm-build >= 4.6
  39 BuildRequires:  rpmbuild(macros) >= 1.752
  40 BuildRequires:  tar >= 1:1.22
  41 BuildRequires:  xz
  42 %if %{with doc}
  43 BuildRequires:  pydoc3
  44 BuildRequires:  python3-matplotlib >= 2
  45 # local version is used
  46 #BuildRequires: python3-numpydoc
  47 BuildRequires:  python3-pydata_sphinx_theme >= 0.6.1
  48 BuildRequires:  python3-sphinx_panels
  49 BuildRequires:  sphinx-pdg-3 >= 2.0
  50 %endif
  51 Requires:       lapack >= 3.6.0
  52 Requires:       python3-modules >= 1:3.8
  53 Requires:       python3-numpy >= 1:1.17.3
  54 Suggests:       python3-pillow
  55 BuildRoot:      %{tmpdir}/%{name}-%{version}-root-%(id -u -n)
  56
  57 %description
  58 SciPy is an open source library of scientific tools for Python. SciPy
  59 supplements the popular numpy module, gathering a variety of high
  60 level science and engineering modules together as a single package.
  61
  62 %description -l pl.UTF-8
  63 SciPy to biblioteka narzędzi naukowych z otwartymi źródłami dla
  64 Pythona. SciPy uzupełnia popularny moduł numpy, gromadząc razem
  65 wiele wysokopoziomowych modułów naukowych i inżynierskich w jeden
  66 pakiet.
  67
  68 %package apidocs
  69 Summary:        API documentation for SciPy module
  70 Summary(pl.UTF-8):      Dokumentacja API modułu SciPy
  71 Group:          Documentation
  72 BuildArch:      noarch
  73
  74 %description apidocs
  75 API documentation for SciPy module.
  76
  77 %description apidocs -l pl.UTF-8
  78 Dokumentacja API modułu SciPy.
  79
  80 %prep
  81 %setup -q -n scipy-%{version}
  82 %patch0 -p1
  83 %patch1 -p1
  84 %patch2 -p1
  85 %patch3 -p1
  86
  87 %build
  88 # numpy.distutils uses LDFLAGS as its own flags replacement,
  89 # instead of appending proper options (like -shared)
  90 CFLAGS="%{rpmcflags}"
  91 LDFLAGS="%{rpmldflags} -shared"
  92 export CFLAGS LDFLAGS
  93
  94 export BLAS=%{_libdir}
  95 export LAPACK=%{_libdir}
  96
  97 %py3_build
  98
  99 %if %{with doc}
 100 cp -pr scipy/io/tests build-3/lib.*/scipy/io
 101 cp -p scipy/misc/*.dat build-3/lib.*/scipy/misc
 102 cp -p scipy/stats/_sobol_direction_numbers.npz build-3/lib.*/scipy/stats
 103 LANG=C \
 104 PYTHONPATH=$(readlink -f build-3/lib.*) \
 105 %{__make} -C doc html-build \
 106         SPHINXBUILD=sphinx-build-3
 107 %endif
 108
 109 %install
 110 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
 111
 112 export BLAS=%{_libdir}
 113 export LAPACK=%{_libdir}
 114
 115 %py3_install
 116
 117 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/*.txt
 118 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_uarray/LICENSE
 119 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/fft/_pocketfft/LICENSE.md
 120 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/linalg/src/{id_dist/doc/doc.tex,lapack_deprecations/LICENSE}
 121 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/optimize/lbfgsb_src/README
 122 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/{_dsolve/SuperLU/License.txt,_eigen/arpack/ARPACK/COPYING}
 123 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/spatial/qhull_src/COPYING.txt
 124 %{__rm} $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_test_deprecation_*.so
 125 %{__rm} -r $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/*/tests
 126 %{__rm} -r $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/*/*/tests
 127 %{__rm} -r $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/*/*/*/tests
 128 %{__rm} -r $RPM_BUILD_ROOT%{py3_sitedir}/%{module}/*/*/*/*/tests
 129
 130 %clean
 131 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
 132
 133 %files -n python3-%{module}
 134 %defattr(644,root,root,755)
 135 %doc INSTALL.rst.txt LICENSE.txt README.rst doc/{API.rst.txt,ROADMAP.rst.txt}
 136 %dir %{py3_sitedir}/%{module}
 137 %{py3_sitedir}/%{module}/*.py
 138 %{py3_sitedir}/%{module}/__pycache__
 139 %{py3_sitedir}/%{module}/*.pxd
 140 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/_build_utils
 141 %{py3_sitedir}/%{module}/_build_utils/*.py
 142 %{py3_sitedir}/%{module}/_build_utils/__pycache__
 143 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/_lib
 144 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_ccallback_c.*.so
 145 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_fpumode.*.so
 146 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_test_ccallback.*.so
 147 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/messagestream.*.so
 148 %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/*.py
 149 %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/__pycache__
 150 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_uarray
 151 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_uarray/_uarray.cpython-*.so
 152 %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_uarray/*.py
 153 %{py3_sitedir}/%{module}/_lib/_uarray/__pycache__
 154 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/cluster
 155 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/cluster/*.so
 156 %{py3_sitedir}/%{module}/cluster/*.py
 157 %{py3_sitedir}/%{module}/cluster/__pycache__
 158 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/constants
 159 %{py3_sitedir}/%{module}/constants/*.py
 160 %{py3_sitedir}/%{module}/constants/__pycache__
 161 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/fft
 162 %{py3_sitedir}/%{module}/fft/*.py
 163 %{py3_sitedir}/%{module}/fft/__pycache__
 164 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/fft/_pocketfft
 165 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/fft/_pocketfft/pypocketfft.cpython-*.so
 166 %{py3_sitedir}/%{module}/fft/_pocketfft/*.py
 167 %{py3_sitedir}/%{module}/fft/_pocketfft/__pycache__
 168 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/fftpack
 169 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/fftpack/*.so
 170 %{py3_sitedir}/%{module}/fftpack/*.py
 171 %{py3_sitedir}/%{module}/fftpack/__pycache__
 172 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/integrate
 173 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/integrate/*.so
 174 %{py3_sitedir}/%{module}/integrate/*.py
 175 %{py3_sitedir}/%{module}/integrate/__pycache__
 176 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/integrate/_ivp
 177 %{py3_sitedir}/%{module}/integrate/_ivp/*.py
 178 %{py3_sitedir}/%{module}/integrate/_ivp/__pycache__
 179 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/interpolate
 180 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/interpolate/*.so
 181 %{py3_sitedir}/%{module}/interpolate/*.py
 182 %{py3_sitedir}/%{module}/interpolate/__pycache__
 183 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/io
 184 %{py3_sitedir}/%{module}/io/*.py
 185 %{py3_sitedir}/%{module}/io/__pycache__
 186 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/io/*.so
 187 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/io/_harwell_boeing
 188 %{py3_sitedir}/%{module}/io/_harwell_boeing/*.py
 189 %{py3_sitedir}/%{module}/io/_harwell_boeing/__pycache__
 190 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/io/arff
 191 %{py3_sitedir}/%{module}/io/arff/*.py
 192 %{py3_sitedir}/%{module}/io/arff/__pycache__
 193 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/io/matlab
 194 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/io/matlab/*.so
 195 %{py3_sitedir}/%{module}/io/matlab/*.py
 196 %{py3_sitedir}/%{module}/io/matlab/__pycache__
 197 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/linalg
 198 %{py3_sitedir}/%{module}/linalg/*.pxd
 199 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/linalg/*.so
 200 %{py3_sitedir}/%{module}/linalg/*.py
 201 %{py3_sitedir}/%{module}/linalg/*.pyi
 202 %{py3_sitedir}/%{module}/linalg/__pycache__
 203 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/misc
 204 %{py3_sitedir}/%{module}/misc/ascent.dat
 205 %{py3_sitedir}/%{module}/misc/ecg.dat
 206 %{py3_sitedir}/%{module}/misc/face.dat
 207 %{py3_sitedir}/%{module}/misc/*.py
 208 %{py3_sitedir}/%{module}/misc/__pycache__
 209 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/ndimage
 210 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/ndimage/*.so
 211 %{py3_sitedir}/%{module}/ndimage/*.py
 212 %{py3_sitedir}/%{module}/ndimage/__pycache__
 213 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/odr
 214 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/odr/*.so
 215 %{py3_sitedir}/%{module}/odr/*.py
 216 %{py3_sitedir}/%{module}/odr/__pycache__
 217 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize
 218 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/*.so
 219 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/*.py
 220 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/*.pyi
 221 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/__pycache__
 222 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_highs
 223 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_highs/*.so
 224 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_highs/*.py
 225 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_highs/__pycache__
 226 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_highs/cython
 227 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_lsq
 228 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_lsq/*.so
 229 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_lsq/*.py
 230 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_lsq/__pycache__
 231 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_shgo_lib
 232 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_shgo_lib/*.py
 233 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_shgo_lib/__pycache__
 234 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trlib
 235 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trlib/*.so
 236 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trlib/*.py
 237 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trlib/__pycache__
 238 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trustregion_constr
 239 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trustregion_constr/*.py
 240 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/_trustregion_constr/__pycache__
 241 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/cython_optimize.pxd
 242 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/cython_optimize
 243 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/cython_optimize/*.so
 244 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/cython_optimize/*.py
 245 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/cython_optimize/*.pxd
 246 %{py3_sitedir}/%{module}/optimize/cython_optimize/__pycache__
 247 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/signal
 248 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/signal/*.so
 249 %{py3_sitedir}/%{module}/signal/*.py
 250 %{py3_sitedir}/%{module}/signal/__pycache__
 251 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/signal/windows
 252 %{py3_sitedir}/%{module}/signal/windows/*.py
 253 %{py3_sitedir}/%{module}/signal/windows/__pycache__
 254 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse
 255 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/*.so
 256 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/*.py
 257 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/__pycache__
 258 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg
 259 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/*.py
 260 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/__pycache__
 261 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/csgraph
 262 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/csgraph/*.py
 263 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/csgraph/__pycache__
 264 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/csgraph/*.so
 265 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_dsolve
 266 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_dsolve/*.so
 267 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_dsolve/*.py
 268 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_dsolve/__pycache__
 269 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen
 270 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/*.py
 271 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/__pycache__
 272 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/arpack
 273 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/arpack/*.so
 274 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/arpack/*.py
 275 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/arpack/__pycache__
 276 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/lobpcg
 277 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/lobpcg/*.py
 278 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_eigen/lobpcg/__pycache__
 279 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_isolve
 280 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_isolve/*.so
 281 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_isolve/*.py
 282 %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_isolve/__pycache__
 283 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_propack
 284 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/sparse/linalg/_propack/*.so
 285 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/spatial
 286 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/*.so
 287 %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/*.py
 288 %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/*.pyi
 289 %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/__pycache__
 290 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/transform
 291 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/transform/*.so
 292 %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/transform/*.py
 293 %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/transform/*.pyi
 294 %{py3_sitedir}/%{module}/spatial/transform/__pycache__
 295 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/special
 296 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/special/*.so
 297 %{py3_sitedir}/%{module}/special/*.pxd
 298 %{py3_sitedir}/%{module}/special/*.py
 299 %{py3_sitedir}/%{module}/special/*.pyi
 300 %{py3_sitedir}/%{module}/special/__pycache__
 301 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/special/_precompute
 302 %{py3_sitedir}/%{module}/special/_precompute/*.py
 303 %{py3_sitedir}/%{module}/special/_precompute/__pycache__
 304 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/stats
 305 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/stats/*.so
 306 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/*.py
 307 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/*.pyi
 308 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/*.pxd
 309 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_sobol_direction_numbers.npz
 310 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/__pycache__
 311 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_boost
 312 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_boost/*.so
 313 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_boost/*.py
 314 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_boost/__pycache__
 315 %dir %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_unuran
 316 %attr(755,root,root) %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_unuran/*.so
 317 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_unuran/*.pxd
 318 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_unuran/*.py
 319 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_unuran/*.pyi
 320 %{py3_sitedir}/%{module}/stats/_unuran/__pycache__
 321 %{py3_sitedir}/SciPy-%{version}-py*.egg-info
 322
 323 %if %{with doc}
 324 %files apidocs
 325 %defattr(644,root,root,755)
 326 %doc doc/build/html/{_images,_panels_static,_static,building,dev,reference,tutorial,*.html,*.js}
 327 %endif