parallel-netcdf-sh.patch

   1 --- pnetcdf-1.11.0/acinclude.m4.orig    2018-12-04 20:00:32.000000000 +0100
   2 +++ pnetcdf-1.11.0/acinclude.m4 2019-04-05 17:40:21.300100012 +0200
   3 @@ -1105,7 +1105,7 @@
   4          end module conftest
   5      ])]
   6  )
   7 -dnl ac_try='$F90 ${F90FLAGS} conftest.f90 ${F90LIBS}>&AS_MESSAGE_LOG_FD'
   8 +dnl ac_try='$F90 ${F90FLAGS} conftest.f90 ${F90LIBS} >AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&1'
   9  dnl AC_TRY_EVAL(ac_try)
  10  if test -f conftest.${FC_MODEXT} ; then
  11     ac_cv_prog_f90_uppercase_mod=no
  12 @@ -1580,7 +1580,7 @@
  13  AC_DEFUN([UD_CHECK_XLC],[
  14      AC_CACHE_CHECK([if C compiler is IBM XLC], [ac_cv_cc_compiler_xlc],
  15      [ac_cv_cc_compiler_xlc=no
  16 -     ac_XLC_VER=`$MPICC -qversion >& conftest.ver`
  17 +     ac_XLC_VER=`$MPICC -qversion >conftest.ver 2>&1`
  18       ac_XLC_VENDOR=`head -c 6 conftest.ver`
  19       if test "x${ac_XLC_VENDOR}" = "xIBM XL" ; then
  20          ac_cv_cc_compiler_xlc=yes
  21 @@ -1633,7 +1633,7 @@
  22  AC_DEFUN([UD_CHECK_PGF77],[
  23      AC_CACHE_CHECK([if Fortran 77 compiler is pgf77], [ac_cv_fc_compiler_pgf77],
  24      [ac_cv_fc_compiler_pgf77=no
  25 -     eval $MPIF77 -V </dev/null >& conftest.ver
  26 +     eval $MPIF77 -V </dev/null >conftest.ver 2>&1
  27       ac_F77_VENDOR=`head -c 5 conftest.ver`
  28       if test "x${ac_F77_VENDOR}" = xpgf77 ; then
  29          ac_cv_fc_compiler_pgf77=yes
  30 --- pnetcdf-1.11.0/configure.ac.orig    2018-12-17 00:49:20.000000000 +0100
  31 +++ pnetcdf-1.11.0/configure.ac 2019-04-05 17:45:03.191906207 +0200
  32 @@ -196,46 +196,46 @@
  33  CANDIDATE_MPIF90="${MPIF90} mpif90 mpif90_r mpf90 mpf90_r mpif95 mpif95_r mpf95 mpf95_r"
  34
  35  dnl add GNU MPI compilers
  36 -CANDIDATE_MPICC+=" mpigcc mpgcc mpigcc_r mpgcc_r"
  37 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpig++ mpg++ mpig++_r mpg++_r"
  38 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpig77 mpig77_r mpg77 mpg77_r"
  39 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpigfortran mpgfortran mpigfortran_r mpgfortran_r"
  40 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC mpigcc mpgcc mpigcc_r mpgcc_r"
  41 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpig++ mpg++ mpig++_r mpg++_r"
  42 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpig77 mpig77_r mpg77 mpg77_r"
  43 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpigfortran mpgfortran mpigfortran_r mpgfortran_r"
  44
  45  dnl add IBM MPI compilers
  46 -CANDIDATE_MPICC+=" mpcc_r mpcc mpixlc_r mpixlc"
  47 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpCC_r mpCC mpixlcxx_r mpixlcxx mpixlC_r mpixlC"
  48 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpixlf77_r mpixlf77"
  49 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpixlf90_r mpixlf90"
  50 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC mpcc_r mpcc mpixlc_r mpixlc"
  51 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpCC_r mpCC mpixlcxx_r mpixlcxx mpixlC_r mpixlC"
  52 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpixlf77_r mpixlf77"
  53 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpixlf90_r mpixlf90"
  54
  55  dnl add IBM BGL MPI compilers
  56 -CANDIDATE_MPICC+=" blrts_xlc mpxlc_r mpxlc"
  57 -CANDIDATE_MPICXX+=" blrts_xlC mpxlC_r mpxlC mpixlc++ mpxlcxx mpxlc++ mpxlCC mpixlc++_r mpxlcxx_r mpxlc++_r mpxlCC_r"
  58 -CANDIDATE_MPIF77+=" blrts_xlf mpxlf_r mpxlf mpxlf77 mpxlf77_r mpixlf mpixlf_r"
  59 -CANDIDATE_MPIF90+=" blrts_xlf90 mpxlf90_r mpxlf90 mpxlf95_r mpxlf95 mpixlf95 mpixlf95_r"
  60 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC blrts_xlc mpxlc_r mpxlc"
  61 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX blrts_xlC mpxlC_r mpxlC mpixlc++ mpxlcxx mpxlc++ mpxlCC mpixlc++_r mpxlcxx_r mpxlc++_r mpxlCC_r"
  62 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 blrts_xlf mpxlf_r mpxlf mpxlf77 mpxlf77_r mpixlf mpixlf_r"
  63 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 blrts_xlf90 mpxlf90_r mpxlf90 mpxlf95_r mpxlf95 mpixlf95 mpixlf95_r"
  64
  65  dnl add Fujitsu MPI compilers
  66 -CANDIDATE_MPICC+=" mpifccpx"
  67 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpiFCCpx"
  68 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpifrtpx"
  69 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpifrtpx"
  70 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC mpifccpx"
  71 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpiFCCpx"
  72 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpifrtpx"
  73 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpifrtpx"
  74
  75  dnl add Cray MPI compiler wrappers
  76 -CANDIDATE_MPICC+=" cc"
  77 -CANDIDATE_MPICXX+=" CC"
  78 -CANDIDATE_MPIF77+=" ftn"
  79 -CANDIDATE_MPIF90+=" ftn"
  80 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC cc"
  81 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX CC"
  82 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 ftn"
  83 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 ftn"
  84
  85  dnl add Intel MPI compiler wrappers
  86 -CANDIDATE_MPICC+=" mpiicc icc"
  87 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpiicpc mpiicxx mpiic++ mpiiCC icpc"
  88 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpiifort mpiifc mpiif77 ifort"
  89 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpiifort mpiifc mpiif95 mpiif90 ifort"
  90 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC mpiicc icc"
  91 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpiicpc mpiicxx mpiic++ mpiiCC icpc"
  92 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpiifort mpiifc mpiif77 ifort"
  93 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpiifort mpiifc mpiif95 mpiif90 ifort"
  94
  95  dnl add PGI MPI compiler wrappers
  96 -CANDIDATE_MPICC+=" mpipgcc mppgcc"
  97 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpipgCC mppgCC"
  98 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpipgf77 mppgf77"
  99 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpipgf90 mpipgf95 mppgf90 mppgf95 "
 100 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC mpipgcc mppgcc"
 101 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpipgCC mppgCC"
 102 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpipgf77 mppgf77"
 103 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpipgf90 mpipgf95 mppgf90 mppgf95 "
 104
 105  dnl find the full path of MPICC from CANDIDATE_MPICC and MPI_INSTALL
 106  if test "x${ac_user_MPICC}" = x ; then
 107 @@ -254,7 +254,7 @@
 108        ERR_MSG="Specified MPI C compiler \"$ac_user_MPICC\" cannot be found"
 109     fi
 110     if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 111 -      ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 112 +      ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 113     fi
 114     AC_MSG_ERROR([
 115     -----------------------------------------------------------------------
 116 @@ -369,7 +369,7 @@
 117           ERR_MSG="Specified MPI C++ compiler \"$ac_user_MPICXX\" cannot be found"
 118        fi
 119        if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 120 -         ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 121 +         ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 122        fi
 123        if test "x${enable_cxx}" = xyes ; then
 124           dnl --enable-cxx is explicitly set at command line
 125 @@ -459,7 +459,7 @@
 126
 127  if test "x${enable_strict}" = xyes; then
 128     if test "x${GCC}" = xyes; then
 129 -      CFLAGS+=" -Wall -Wstrict-prototypes -Wmissing-prototypes -Wundef -Wpointer-arith -Wbad-function-cast"
 130 +      CFLAGS="$CFLAGS -Wall -Wstrict-prototypes -Wmissing-prototypes -Wundef -Wpointer-arith -Wbad-function-cast"
 131     else
 132        AC_MSG_WARN([--enable-strict is for GNU compiler only])
 133        enable_strict=no
 134 @@ -494,7 +494,7 @@
 135           ERR_MSG="Specified MPI Fortran 77 compiler \"$ac_user_MPIF77\" cannot be found"
 136        fi
 137        if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 138 -         ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 139 +         ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 140        fi
 141        if test "x${enable_fortran}" = xyes ; then
 142           dnl --enable-fortran is explicitly set at command line
 143 @@ -535,7 +535,7 @@
 144           ERR_MSG="Specified MPI Fortran 90 compiler \"$ac_user_MPIF90\" cannot be found"
 145        fi
 146        if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 147 -         ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 148 +         ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 149        fi
 150        if test "x${enable_fortran}" = xyes ; then
 151           dnl --enable-fortran is explicitly set at command line
 152 @@ -682,8 +682,8 @@
 153  if test "x${has_fortran}" = xyes ; then
 154     if test "x${enable_strict}" = xyes -a "x${GFC}" = xyes; then
 155        dnl not all Fortran compilers recognize -Wall
 156 -      FFLAGS+=" -Wall"
 157 -      FCFLAGS+=" -Wall"
 158 +      FFLAGS="$FFLAGS -Wall"
 159 +      FCFLAGS="$FCFLAGS -Wall"
 160     fi
 161     dnl AC_SUBST(FLIBS)
 162     dnl AC_SUBST(FCLIBS)
 163 @@ -794,14 +794,14 @@
 164     if test "x${ac_cv_fc_compiler_nag}" = xyes ; then
 165        dnl Add -mismatch if they are not set by users
 166        if ! echo "${FFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-mismatch" ; then
 167 -         FFLAGS+=" -mismatch"
 168 +         FFLAGS="$FFLAGS -mismatch"
 169        fi
 170        if ! echo "${FCFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-mismatch" ; then
 171 -         FCFLAGS+=" -mismatch"
 172 +         FCFLAGS="$FCFLAGS -mismatch"
 173        fi
 174        dnl Add -DNAGFortran
 175 -       FFLAGS+=" -DNAGFortran"
 176 -      FCFLAGS+=" -DNAGFortran"
 177 +       FFLAGS="$FFLAGS -DNAGFortran"
 178 +      FCFLAGS="$FCFLAGS -DNAGFortran"
 179     fi
 180
 181     dnl check Fortran parameter modifier for 8-byte integer type
 182 @@ -926,8 +926,8 @@
 183  dnl fi
 184
 185  UD_PROG_M4
 186 -M4FLAGS+=" -DPNETCDF"
 187 -M4FFLAGS+=" -DPNETCDF"
 188 +M4FLAGS="$M4FLAGS -DPNETCDF"
 189 +M4FFLAGS="$M4FFLAGS -DPNETCDF"
 190
 191  dnl Check for <stdbool.h> that conforms to C99 requirements
 192  dnl this is also for using bool type in utf8proc.h/utf8proc.c to support
 193 @@ -1316,31 +1316,31 @@
 194     dnl remove all -O and -fast flags
 195     dnl add -O0 to all flags
 196     if ! echo "${CFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 197 -      CFLAGS+=" -g"
 198 +      CFLAGS="$CFLAGS -g"
 199     fi
 200     CFLAGS=`echo $CFLAGS | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 201 -   CFLAGS+=" -O0"
 202 +   CFLAGS="$CFLAGS -O0"
 203
 204     if test "x${has_mpicxx}" = xyes ; then
 205        if ! echo "${CXXFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 206 -         CXXFLAGS+=" -g"
 207 +         CXXFLAGS="$CXXFLAGS -g"
 208        fi
 209        CXXFLAGS=`echo $CXXFLAGS | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 210 -      CXXFLAGS+=" -O0"
 211 +      CXXFLAGS="$CXXFLAGS -O0"
 212     fi
 213
 214     if test "x${has_fortran}" = xyes ; then
 215        if ! echo "${FFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 216 -         FFLAGS+=" -g"
 217 +         FFLAGS="$FFLAGS -g"
 218        fi
 219        if ! echo "${FCFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 220 -         FCFLAGS+=" -g"
 221 +         FCFLAGS="$FCFLAGS -g"
 222        fi
 223
 224         FFLAGS=`echo $FFLAGS  | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 225        FCFLAGS=`echo $FCFLAGS | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 226 -       FFLAGS+=" -O0"
 227 -      FCFLAGS+=" -O0"
 228 +       FFLAGS="$FFLAGS -O0"
 229 +      FCFLAGS="$FCFLAGS -O0"
 230     fi
 231  fi
 232
 233 @@ -1541,7 +1541,7 @@
 234     dnl No need to add the include paths used to build NetCDF to CPPFLAGS
 235     dnl permanently, as it is not needed to compile PnetCDF codes
 236     CPPFLAGS_save=$CPPFLAGS
 237 -   CPPFLAGS+=" $netcdf_cflags"
 238 +   CPPFLAGS="$CPPFLAGS $netcdf_cflags"
 239     dnl AC_CHECK_HEADERS uses CPPFLAGS, not CFLAGS
 240     AC_CHECK_HEADERS([hdf5.h], [have_hdf5=yes], [have_hdf5=no])
 241     if test "x$have_hdf5" = xyes ; then
 242 @@ -1734,7 +1734,7 @@
 243     dnl set default to "mpiexec -n NP"
 244     UD_MPI_PATH_PROGS([TESTMPIRUN], [mpiexec mpirun srun])
 245     if test "x${TESTMPIRUN}" != x ; then
 246 -      TESTMPIRUN+=" -n NP"
 247 +      TESTMPIRUN="$TESTMPIRUN -n NP"
 248     fi
 249  fi
 250