R.spec

   1 # TODO:
   2 # - add more contrib packages
   3 # - separate contrib packages to other specs
   4 # - (?) separate recomended packages to other specs (i'm not sure...)
   5 #
   6 # Conditional build:
   7 # _without_gnome        - without GNOME support
   8 #
   9 Summary:        A language for data analysis and graphics
  10 Summary(pl):    Jêzyk do analizy danych oraz grafiki
  11 Name:           R
  12 Version:        1.9.1
  13 Release:        2
  14 License:        Mixed (distributable), mostly GPL
  15 Group:          Development/Languages
  16 # CRAN master site: ftp://cran.r-project.org/pub/R/src/
  17 Source0:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/base/%{name}-%{version}.tgz
  18 # Source0-md5:  c8201425506e5c077ef1936e19ea2f51
  19 Source1:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/KernSmooth_2.22-13.tar.gz
  20 # Source1-md5:  15f5ab6094ea848f02b5109f40055128
  21 Source2:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/VR_7.2-4.tar.gz
  22 # Source2-md5:  15882d679f7704597194ab4be40e1a62
  23 Source3:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/acepack_1.3-2.1.tar.gz
  24 # Source3-md5:  eb75cab587664b58df4a14c65f450b62
  25 Source4:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/boot_1.2-17.tar.gz
  26 # Source4-md5:  88a0bc20efe532f30b0606b99394a3f4
  27 Source5:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/bootstrap_1.0-12.tar.gz
  28 # Source5-md5:  6860c7d62ab95756267be774bcf60578
  29 Source6:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/cluster_1.9.6.tar.gz
  30 # Source6-md5:  6baba1d66491f6c4fab70d9128df2ccd
  31 Source7:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/date_1.2-18.tar.gz
  32 # Source7-md5:  8bb9d6bc5cb0b06e250be6f478cf4c2a
  33 Source8:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/e1071_1.4-1.tar.gz
  34 # Source8-md5:  806fc46915d14640e6d01cfa590422e5
  35 Source9:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/foreign_0.6-11.tar.gz
  36 # Source9-md5:  6ebc52bc959d27eff06e50b83818bf77
  37 Source10:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/fracdiff_1.1-1.tar.gz
  38 # Source10-md5: e1f624b063789f21c74d85ebaeda60fa
  39 Source11:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/gee_4.13-10.tar.gz
  40 # Source11-md5: 7f32a7f7b022dd366d27482a3561d2a6
  41 Source12:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/lattice_0.9-16.tar.gz
  42 # Source12-md5: c98c91ccea8880c79d30aab4e2cca63b
  43 Source13:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/leaps_2.7.tar.gz
  44 # Source13-md5: 551d8cd9a53d2eee7c13108577910a44
  45 Source14:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/mgcv_1.0-9.tar.gz
  46 # Source14-md5: ba1585b777c886444d0470c8f831f983
  47 Source15:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/mlbench_1.0-0.tar.gz
  48 # Source15-md5: 101108689bd005ef96641a8c33f17698
  49 Source16:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/nlme_3.1-50.tar.gz
  50 # Source16-md5: 6d210f59cb96fda0e3b9644e6085da5a
  51 Source17:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/oz_1.0-9.tar.gz
  52 # Source17-md5: 0eae69fafcabbe14dff81ff00ef3e4fa
  53 Source18:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/polynom_1.1-15.tar.gz
  54 # Source18-md5: bc17210955f5a49834531ba1bdc1b0e9
  55 Source19:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/princurve_1.1-6.tar.gz
  56 # Source19-md5: 8c36f2fef3265890f8393dac6d89fdc5
  57 Source20:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/quadprog_1.4-7.tar.gz
  58 # Source20-md5: d93eb133e72e89de717c9db9d5f28d66
  59 Source21:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/rpart_3.1-17.tar.gz
  60 # Source21-md5: 378fb531cac466b6abb774da00846e43
  61 Source22:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/survival_2.13-1.tar.gz
  62 # Source22-md5: cae71a003c742e42675dbdd9b9da371f
  63 Source23:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/xgobi_1.2-12.tar.gz
  64 # Source23-md5: 3edae689c69c12ef71df1ee269c1b1b8
  65 Source26:       %{name}.desktop
  66 URL:            http://www.r-project.org/
  67 BuildRequires:  XFree86-devel
  68 BuildRequires:  autoconf
  69 BuildRequires:  automake
  70 BuildRequires:  blas-devel
  71 BuildRequires:  gcc-c++
  72 BuildRequires:  gcc-g77
  73 BuildRequires:  libjpeg-devel >= 6b
  74 BuildRequires:  libpng-devel >= 1.0.5
  75 BuildRequires:  libstdc++-devel
  76 BuildRequires:  libtool
  77 BuildRequires:  libxml-devel
  78 BuildRequires:  perl-base >= 1:5.6
  79 BuildRequires:  readline-devel
  80 BuildRequires:  tetex-latex
  81 BuildRequires:  tetex-dvips
  82 BuildRequires:  tetex-pdftex
  83 BuildRequires:  zip
  84 BuildRequires:  zlib >= 1.1.3
  85 #BuildRequires: lpr
  86 %{!?_without_gnome:BuildRequires:       gnome-libs-devel}
  87 %{!?_without_gnome:BuildRequires:       ORBit-devel}
  88 %{!?_without_gnome:BuildRequires:       libglade-gnome-devel}
  89 Provides:       R-base
  90 Provides:       R-contrib
  91 BuildRoot:      %{tmpdir}/%{name}-%{version}-root-%(id -u -n)
  92
  93 %description
  94 A system for statistical computation and graphics. R consists of a
  95 language plus a run-time environment with graphics, a debugger, access
  96 to certain system functions, and the ability to run programs stored in
  97 script files.
  98
  99 The design of R has been heavily influenced by two existing languages:
 100 Becker, Chambers & Wilks' S and Sussman's Scheme. Whereas the
 101 resulting language is very similar in appearance to S, the underlying
 102 implementation and semantics are derived from Scheme.
 103
 104 %description -l pl
 105 System do obliczeñ statystycznych i grafiki. R sk³ada siê z jêzyka
 106 oraz ¶rodowiska uruchomieniowego z grafik±, debuggerem, dostêpem do
 107 niektórych funkcji systemowych oraz mo¿liwo¶ci± uruchamiania programów
 108 zapisanych w skryptach.
 109
 110 Jêzyk R by³ zainspirowany dwoma istniej±cymi jêzykami: S (Beckera,
 111 Chambersa i Wilksa) oraz Scheme (Sussmana). R jest podobny do S, ale
 112 implementacja i semantyka wywodzi siê ze Scheme.
 113
 114 %package base
 115 Summary:        The R base distribution
 116 Summary(pl):    Podstawowa dystrybucja R
 117 License:        GPL v2 / LGPL
 118 Group:          Development/Languages
 119 Requires(post): textutils
 120 Requires(post): perl
 121 Provides:       R-ctest R-eda R-lqs R-methods R-modreg R-mva R-nls R-splines
 122 Provides:       R-stepfun R-tcltk R-tools R-ts R-grid
 123
 124 %description base
 125 R is a language and run-time environment for carrying out interactive
 126 statistical data analysis. It is not entirely dissimilar to the S
 127 language developed at AT&T Bell Laboratories (and now Lucent
 128 Technologies). Indeed, S users will find the environment quite
 129 familiar and a good deal of S software will run without change under
 130 R.
 131
 132 %description base -l pl
 133 R jest jêzykiem i ¶rodowiskiem uruchomieniowym do interaktywnej
 134 analizy danych statystycznych. R nie jest ca³kowicie zgodny z jêzykiem
 135 S opracowanym w AT&T Bell Laboratiories (a teraz Lucent Technologies),
 136 mimo to u¿ytkownicy S zauwa¿± zbli¿one ¶rodowisko, a du¿a czê¶æ
 137 oprogramowania w S bêdzie dzia³a³a bez zmian w R.
 138
 139 %package recommended
 140 Summary:        Recommended contributed packages for the R language
 141 Summary(pl):    Zalecane dodatkowe pakiety do jêzyka R
 142 Group:          Development/Languages
 143 Provides:       R-KernSmooth R-VR R-boot R-cluster R-foreign
 144 Provides:       R-lattice R-mgcv R-nlme R-rpart R-survival
 145 License:        GPL, free or free for non-commercial use
 146 URL:            http://www.ci.tuwien.ac.at/R/
 147 Requires(post,postun):  R-base
 148 Requires(post,postun):  textutils
 149 Requires(post,postun):  perl
 150 Requires:       R-base >= %{version}
 151 Obsoletes:      R-survival4 R-MASS R-clus R-class R-nnet R-spatial
 152
 153 %description recommended
 154 Packages which extend the capabilities of the R base distribution and
 155 are distributed on the Comprehensive R Archive Network (CRAN).
 156
 157 %description recommended -l pl
 158 Pakiety rozszerzaj±ce mo¿liwo¶ci podstawowej dystrybucji jêzyka R,
 159 dystrubuowane w archiwum CRAN (Comprehensive R Archive Network).
 160
 161 %package contrib
 162 Summary:        Contributed packages for the R language
 163 Summary(pl):    Dodatkowe pakiety do jêzyka R
 164 License:        Mixed
 165 Group:          Development/Languages
 166 URL:            http://www.ci.tuwien.ac.at/R/
 167 Requires(post,postun):  R-base
 168 Requires(post,postun):  textutils
 169 Requires(post,postun):  perl
 170 Requires:       R-base >= %{version}
 171 Requires:       R-VR
 172 Provides:       R-acepack R-bootstrap R-date R-e1071 R-fracdiff R-gee
 173 Provides:       R-leaps R-oz R-polynom R-princurve R-quadprog
 174 Provides:       R-xgobi
 175 Obsoletes:      R-principal.curve
 176
 177 %description contrib
 178 Packages which extend the capabilities of the R base distribution and
 179 are distributed on the Comprehensive R Archive Network (CRAN).
 180
 181 %description contrib -l pl
 182 Pakiety rozszerzaj±ce mo¿liwo¶ci podstawowej dystrybucji jêzyka R,
 183 dystrubuowane w archiwum CRAN (Comprehensive R Archive Network).
 184
 185 %package mlbench
 186 Summary:        Machine learning benchmarks
 187 Summary(pl):    Testy wydajno¶ci uczenia maszyny
 188 Group:          Development/Languages
 189 License:        GPL
 190 URL:            http://www.ics.uci.edu/~mlearn/MLRepository.html
 191 Requires(post,postun):  R-base
 192 Requires(post,postun):  textutils
 193 Requires(post,postun):  perl
 194 Requires:       R-base >= %{version}
 195
 196 %description mlbench
 197 R package which contains a collection of real-world datasets and
 198 functions for creating artificial datasets that work as benchmarks for
 199 machine learning methods.
 200
 201 %description mlbench -l pl
 202 Ten podpakiet R zawiera zestaw rzeczywistych danych i funkcji do
 203 tworzenia sztucznych danych s³u¿±cych jako test wydajno¶ci metod
 204 uczenia maszyny.
 205
 206 %prep
 207 %setup -q -c -n R-cran -T -b 1
 208 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 2
 209 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 3
 210 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 4
 211 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 5
 212 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 6
 213 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 7
 214 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 8
 215 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 9
 216 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 10
 217 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 11
 218 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 12
 219 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 13
 220 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 14
 221 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 15
 222 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 16
 223 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 17
 224 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 18
 225 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 19
 226 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 20
 227 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 21
 228 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 22
 229 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 23
 230 %setup -q
 231 #%setup -q -T -D -a 14
 232
 233 # These files have the path for PERL hard-coded as /usr/local/bin/perl
 234 # We need to remove them to avoid dependency problems
 235 rm -f ./doc/keyword-test.orig ./etc/undoc/R-funs.orig ./etc/undoc/extrExamp.orig
 236
 237 %build
 238 %{__aclocal}
 239 %{__autoconf}
 240 cp -f /usr/share/automake/config.* .
 241 %configure \
 242         %{!?_without_gnome:--with-gnome} \
 243         %{?_without_gnome:--without-gnome} \
 244         --without-tcltk \
 245         --enable-R-shlib
 246
 247 %{__make}
 248 %{__make} help
 249 %{__make} html
 250 %{__make} clean
 251
 252 # Install contrib packages
 253 #
 254 R_HOME=`pwd`;export R_HOME
 255 PERL5LIB=`pwd`/share/perl;export PERL5LIB
 256 cd ../R-cran
 257 for pkg in `ls`
 258 do
 259 ${R_HOME}/bin/INSTALL ${pkg}
 260 done
 261 cd ${R_HOME}
 262
 263 #Remove old template files.
 264 #
 265 for oldinfile in `find . -name '*.in' -print`
 266 do
 267         mv ${oldinfile} ${oldinfile}.old
 268 #       rm ${oldinfile}
 269 done
 270
 271 # Gather documentation from contrib packages in one directory
 272 # Assume that anything not in one of the standard directories is
 273 # documentation, and copy it.
 274 #
 275 mkdir ${R_HOME}/contrib
 276 cd ${RPM_BUILD_DIR}/R-cran
 277 for pkg in `ls`; do
 278         if [ -d ${pkg} ]; then
 279                 mkdir ${R_HOME}/${pkg}
 280                 for docfile in `ls ${pkg}`; do
 281                         case $docfile in
 282                                 INDEX) ;;
 283                                 TITLE) ;;
 284                                 R) ;;
 285                                 man) ;;
 286                                 src) ;;
 287                                 src-c) ;;
 288                                 data) ;;
 289                                 *) cp -R -P ${pkg}/${docfile} ${R_HOME};;
 290                         esac
 291                 done
 292         fi
 293 done
 294 cd ${R_HOME}
 295
 296 %install
 297 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
 298 install -d $RPM_BUILD_ROOT{%{_bindir},%{_mandir}/man1,%{_libdir}/R,%{_includedir},%{_desktopdir}}
 299
 300 install %{SOURCE26} $RPM_BUILD_ROOT%{_desktopdir}
 301
 302 cp doc/R.1 $RPM_BUILD_ROOT%{_mandir}/man1/
 303 sed "s,`pwd`,%{_libdir}/R,g" < bin/R > $RPM_BUILD_ROOT%{_bindir}/R
 304
 305
 306 cp -R AUTHORS afm bin doc etc library modules share \
 307         $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}/R
 308
 309 find $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}/R -name 'Makefile*' -exec rm -f {} \;
 310 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}/R/etc/*.old
 311
 312 mv $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}/R/bin/libR*.so $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}
 313
 314 cp -R include $RPM_BUILD_ROOT%{_includedir}/R
 315 ln -sf %{_includedir}/R $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}/R/include
 316
 317 %clean
 318 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
 319
 320 %post base
 321 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 322  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 323 /sbin/ldconfig
 324
 325 %postun base    -p /sbin/ldconfig
 326
 327 #%preun base
 328 ## These files are not owned by any package, so we have to remove them
 329 ## but only if this is the last version of R-base on the system.
 330 ##
 331 #if [ "$1" = 0 ];
 332 #then
 333 #       rm -f %{_libdir}/R/doc/html/search/index.txt
 334 #       rm -f %{_libdir}/R/doc/html/packages.html
 335 #fi
 336
 337 %post contrib
 338 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 339  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 340
 341 %postun contrib
 342 if [ -f ../bin/Rcmd ];then
 343 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 344  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 345 fi
 346
 347 %post recommended
 348 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 349  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 350
 351 %postun recommended
 352 if [ -f ../bin/Rcmd ];then
 353 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 354  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 355 fi
 356
 357 %post mlbench
 358 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 359  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 360
 361 %postun mlbench
 362 if [ -f ../bin/Rcmd ];then
 363 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 364  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 365 fi
 366
 367 %files base
 368 %defattr(644,root,root,755)
 369 %{_mandir}/man1/R.1*
 370 %attr(755,root,root) %{_bindir}/R
 371 %dir %{_libdir}/R
 372 %{_libdir}/R/afm
 373 %attr(755,root,root) %{_libdir}/R/bin
 374 %attr(755,root,root) %{_libdir}/libR*.so
 375 %{_libdir}/R/etc
 376 %{_libdir}/R/include
 377 %{_includedir}/R
 378 %{_libdir}/R/share
 379 %{_libdir}/R/AUTHORS
 380 %dir %{_libdir}/R/library
 381 %{_libdir}/R/library/*.css
 382 %{_libdir}/R/library/base
 383 %{_libdir}/R/library/ctest
 384 %{_libdir}/R/library/eda
 385 %{_libdir}/R/library/grid
 386 %{_libdir}/R/library/graphics
 387 %{_libdir}/R/library/lqs
 388 %{_libdir}/R/library/methods
 389 %{_libdir}/R/library/mle
 390 %{_libdir}/R/library/modreg
 391 %{_libdir}/R/library/mva
 392 %{_libdir}/R/library/nls
 393 %{_libdir}/R/library/splines
 394 %{_libdir}/R/library/stats
 395 %{_libdir}/R/library/stats4
 396 %{_libdir}/R/library/stepfun
 397 %{_libdir}/R/library/tcltk
 398 %{_libdir}/R/library/tools
 399 %{_libdir}/R/library/ts
 400 %{_libdir}/R/library/utils
 401 %{_libdir}/R/modules
 402 %doc BUGS COPYRIGHTS FAQ NEWS README RESOURCES THANKS Y2K
 403 # %{_libdir}/R/doc %except %{_libdir}/R/doc/html/{packages.html,search/index.txt}
 404 %dir %{_libdir}/R/doc
 405 %{_libdir}/R/doc/[KRm]*
 406 %dir %{_libdir}/R/doc/html
 407 %{_libdir}/R/doc/html/*.css
 408 %{_libdir}/R/doc/html/[Ra-lr-u]*.html
 409 %{_libdir}/R/doc/html/packages-head.html
 410 %{_libdir}/R/doc/html/*.jpg
 411 %dir %{_libdir}/R/doc/html/search
 412 %{_libdir}/R/doc/html/search/[A-Z]*
 413 %ghost %{_libdir}/R/doc/html/search/index.txt
 414 %ghost %{_libdir}/R/doc/html/packages.html
 415 %{_desktopdir}/*
 416
 417 %files recommended
 418 %defattr(644,root,root,755)
 419 %{_libdir}/R/library/MASS
 420 %{_libdir}/R/library/class
 421 %{_libdir}/R/library/nnet
 422 %{_libdir}/R/library/spatial
 423 %doc VR
 424 %{_libdir}/R/library/KernSmooth
 425 %doc KernSmooth
 426 %{_libdir}/R/library/boot
 427 %doc boot
 428 %{_libdir}/R/library/cluster
 429 %doc cluster
 430 %{_libdir}/R/library/foreign
 431 %doc foreign
 432 %{_libdir}/R/library/lattice
 433 %doc lattice
 434 %{_libdir}/R/library/mgcv
 435 %doc mgcv
 436 %{_libdir}/R/library/nlme
 437 %doc nlme
 438 %{_libdir}/R/library/rpart
 439 %doc rpart
 440 %{_libdir}/R/library/survival
 441 %doc survival
 442
 443 %files contrib
 444 %defattr(644,root,root,755)
 445 %{_libdir}/R/library/acepack
 446 %doc acepack
 447 %{_libdir}/R/library/bootstrap
 448 %doc bootstrap
 449 %{_libdir}/R/library/date
 450 %doc date
 451 %{_libdir}/R/library/e1071
 452 %doc e1071
 453 %{_libdir}/R/library/fracdiff
 454 %doc fracdiff
 455 %{_libdir}/R/library/gee
 456 %doc gee
 457 %{_libdir}/R/library/leaps
 458 %doc leaps
 459 %{_libdir}/R/library/oz
 460 %doc oz
 461 %{_libdir}/R/library/polynom
 462 %doc polynom
 463 %{_libdir}/R/library/princurve
 464 %doc princurve
 465 %{_libdir}/R/library/quadprog
 466 %doc quadprog
 467 %{_libdir}/R/library/xgobi
 468 %doc xgobi
 469
 470 %files mlbench
 471 %defattr(644,root,root,755)
 472 %{_libdir}/R/library/mlbench
 473 %doc mlbench