perl-AcePerl-path.patch

   1 diff -burN AcePerl-1.86.orig/acebrowser/cgi-bin/moviedb/person AcePerl-1.86/acebrowser/cgi-bin/moviedb/person
   2 --- AcePerl-1.86.orig/acebrowser/cgi-bin/moviedb/person Tue Sep 25 05:06:39 2001
   3 +++ AcePerl-1.86/acebrowser/cgi-bin/moviedb/person      Thu Jul 24 17:09:47 2003
   4 @@ -1,4 +1,4 @@
   5 -#!/usr/local/bin/perl
   6 +#!/usr/bin/perl
   7  # -*- Mode: perl -*-
   8  # file: person
   9  # Moviedb "person" display
  10 diff -burN AcePerl-1.86.orig/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO AcePerl-1.86/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO
  11 --- AcePerl-1.86.orig/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO       Thu Jul 22 19:11:23 1999
  12 +++ AcePerl-1.86/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO    Thu Jul 24 17:09:48 2003
  13 @@ -120,7 +120,7 @@
  14        Consequences of the Solution
  15
  16     The NOTES file distributed with this version of ACEDB advises you to
  17 -   move the acedb and textace scripts to /usr/local/bin, and using them
  18 +   move the acedb and textace scripts to /usr/bin, and using them
  19     to start the program. With your environment variables in place, you
  20     can simply use xace or tace instead.
  21
  22 @@ -150,7 +150,7 @@
  23     individual user names instead.
  24
  25     One thing that no documentation mentions is that we had to move
  26 -   gifaceserver.LINUX to /usr/local/bin/gifaceserver. Obvious, but still
  27 +   gifaceserver.LINUX to /usr/bin/gifaceserver. Obvious, but still
  28     makes you wonder while you do it.
  29
  30      Inetd.conf
  31 @@ -167,7 +167,7 @@
  32     whom the gifaceserver is assigned in the inetd.conf file. We created
  33     one by opening the gifaceserver on a fake port number (12345):
  34
  35 -   /usr/local/bin/gifaceserver /home/httpd/database/contacts 12345
  36 +   /usr/bin/gifaceserver /home/httpd/database/contacts 12345
  37     1200:1200:10
  38
  39  Models
  40 diff -burN AcePerl-1.86.orig/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO.html AcePerl-1.86/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO.html
  41 --- AcePerl-1.86.orig/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO.html  Thu Jul 22 19:11:23 1999
  42 +++ AcePerl-1.86/docs/ACE_SERVER_TRAPS.HOWTO.html       Thu Jul 24 17:09:48 2003
  43 @@ -73,7 +73,7 @@
  44  <em>/home/httpd/database/contacts/</em></p>
  45
  46  <p><h5>Consequences of the Solution</h5></p>
  47 -<p>The <strong>NOTES</strong> file distributed with this version of ACEDB advises you to move the <em>acedb</em> and <em>textace</em> scripts to /usr/local/bin, and using them to start the program.  With your environment variables in place, you can simply use <em>xace</em> or <em>tace</em> instead.</p>
  48 +<p>The <strong>NOTES</strong> file distributed with this version of ACEDB advises you to move the <em>acedb</em> and <em>textace</em> scripts to /usr/bin, and using them to start the program.  With your environment variables in place, you can simply use <em>xace</em> or <em>tace</em> instead.</p>
  49
  50  <p><h4>Permissions</h4></p>
  51  <p>Take your permissions seriously.  Richard Durbin's Installation Guide is out of date, but gives good advice in this department.</p>
  52 @@ -84,13 +84,13 @@
  53  <p><h4>Solution</h4></p>
  54  <p>The best installation information is in the <strong>README</strong> file for <em>AcePerl-1.54</em>.  A few more hints are listed here.</p>
  55  <p>The <em>AcePerl</em> <strong>README</strong> file implies creating a user called <em>acedb</em>.  This creates permissions problems that we haven't solved yet.  We are using individual user names instead.</p>
  56 -<p>One thing that <strong>no</strong> documentation mentions is that we had to move <em>gifaceserver.LINUX</em> to <em>/usr/local/bin/gifaceserver</em>.  Obvious, but still makes you wonder while you do it.</p>
  57 +<p>One thing that <strong>no</strong> documentation mentions is that we had to move <em>gifaceserver.LINUX</em> to <em>/usr/bin/gifaceserver</em>.  Obvious, but still makes you wonder while you do it.</p>
  58  <p><h4>Inetd.conf</h4></p>
  59  <p>Our individual <em>inetd.conf</em> files were completely commented out, and the daemon stopped because of our dispersed locations.  Append the required line to the file, and enter:</p>
  60  <p><em>Killall -HUP inetd</em></p>
  61  <p><h4>server.log</h4></p>
  62  <p>The server really wants a <em>server.log</em> file, writable by the user to whom the <em>gifaceserver</em> is assigned in the <em>inetd.conf</em> file.  We created one by opening the <em>gifaceserver</em> on a fake port number (12345):</p>
  63 -<p><em> /usr/local/bin/gifaceserver /home/httpd/database/contacts 12345 1200:1200:10</em></p>
  64 +<p><em> /usr/bin/gifaceserver /home/httpd/database/contacts 12345 1200:1200:10</em></p>
  65  <p><h2>Models</h2></p>
  66  <p><h3>Documentation</h3></p>
  67  The <strong>best</strong> documentation for models is in <em>/acedocs/exploring/*.</em>  The table of contents is in <em>/acedocs/exploring/toc_models.html</em>.  Unfortunately, like all the ACEDB documentation, it uses absolute pathnames.  We have converted these pathnames to relative ones, and will make the document available for download on the Spatial Focus private web page.  Although the document is marked "draft" and dated 1994, it is thorough and simple.  Doesn't appear to be significantly out of date.</p>
  68 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/authors.pl AcePerl-1.86/examples/authors.pl
  69 --- AcePerl-1.86.orig/examples/authors.pl       Thu Jul  8 21:23:59 1999
  70 +++ AcePerl-1.86/examples/authors.pl    Thu Jul 24 17:09:48 2003
  71 @@ -1,4 +1,4 @@
  72 -#!/usr/local/bin/perl
  73 +#!/usr/bin/perl
  74
  75  # This example will pull some information on various authors
  76  # from the C. Elegans ACEDB.
  77 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/authors2.pl AcePerl-1.86/examples/authors2.pl
  78 --- AcePerl-1.86.orig/examples/authors2.pl      Thu Jul  8 21:23:59 1999
  79 +++ AcePerl-1.86/examples/authors2.pl   Thu Jul 24 17:09:48 2003
  80 @@ -1,4 +1,4 @@
  81 -#!/usr/local/bin/perl
  82 +#!/usr/bin/perl
  83
  84  # This example will pull some information on various authors
  85  # from the C. Elegans ACEDB.
  86 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/coauthors.pl AcePerl-1.86/examples/coauthors.pl
  87 --- AcePerl-1.86.orig/examples/coauthors.pl     Thu Jul  8 21:23:59 1999
  88 +++ AcePerl-1.86/examples/coauthors.pl  Thu Jul 24 17:09:48 2003
  89 @@ -1,4 +1,4 @@
  90 -#!/usr/local/bin/perl
  91 +#!/usr/bin/perl
  92
  93  use lib '..';
  94  use Ace;
  95 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/exons.pl AcePerl-1.86/examples/exons.pl
  96 --- AcePerl-1.86.orig/examples/exons.pl Wed Jan 12 19:24:48 2000
  97 +++ AcePerl-1.86/examples/exons.pl      Thu Jul 24 17:09:48 2003
  98 @@ -1,4 +1,4 @@
  99 -#!/usr/local/bin/perl
 100 +#!/usr/bin/perl
 101
 102  # This example will pull some information on a sequence
 103  # from the C. Elegans ACEDB.
 104 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/gif.pl AcePerl-1.86/examples/gif.pl
 105 --- AcePerl-1.86.orig/examples/gif.pl   Thu Jul  8 21:23:59 1999
 106 +++ AcePerl-1.86/examples/gif.pl        Thu Jul 24 17:09:48 2003
 107 @@ -1,4 +1,4 @@
 108 -#!/usr/local/bin/perl
 109 +#!/usr/bin/perl
 110
 111  use lib '..','../blib/lib','../blib/arch';
 112  use Ace;
 113 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/sequence.pl AcePerl-1.86/examples/sequence.pl
 114 --- AcePerl-1.86.orig/examples/sequence.pl      Thu Jul  8 21:23:59 1999
 115 +++ AcePerl-1.86/examples/sequence.pl   Thu Jul 24 17:09:48 2003
 116 @@ -1,4 +1,4 @@
 117 -#!/usr/local/bin/perl
 118 +#!/usr/bin/perl
 119
 120  # This example will pull some information on a sequence
 121  # from the C. Elegans ACEDB.
 122 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/upstream.pl AcePerl-1.86/examples/upstream.pl
 123 --- AcePerl-1.86.orig/examples/upstream.pl      Wed Jan 12 19:24:48 2000
 124 +++ AcePerl-1.86/examples/upstream.pl   Thu Jul 24 17:09:48 2003
 125 @@ -1,4 +1,4 @@
 126 -#!/usr/local/bin/perl
 127 +#!/usr/bin/perl
 128
 129  # This example will pull out N base pairs upstream of each predicted
 130  # gene in C. elegans
 131 diff -burN AcePerl-1.86.orig/examples/upstream2.pl AcePerl-1.86/examples/upstream2.pl
 132 --- AcePerl-1.86.orig/examples/upstream2.pl     Wed Jan 12 19:24:48 2000
 133 +++ AcePerl-1.86/examples/upstream2.pl  Thu Jul 24 17:09:48 2003
 134 @@ -1,4 +1,4 @@
 135 -#!/usr/local/bin/perl
 136 +#!/usr/bin/perl
 137
 138  # This example will pull out N base pairs upstream of each predicted
 139  # gene in C. elegans
 140 diff -burN AcePerl-1.86.orig/make_docs.PLS AcePerl-1.86/make_docs.PLS
 141 --- AcePerl-1.86.orig/make_docs.PLS     Thu Nov 14 21:00:05 2002
 142 +++ AcePerl-1.86/make_docs.PLS  Thu Jul 24 17:09:48 2003
 143 @@ -1,4 +1,4 @@
 144 -#!/usr/local/bin/perl
 145 +#!/usr/bin/perl
 146
 147  use Pod::Html;
 148  $marker = shift;
 149 diff -burN AcePerl-1.86.orig/t/basic.t AcePerl-1.86/t/basic.t
 150 --- AcePerl-1.86.orig/t/basic.t Sat Feb  1 20:35:12 2003
 151 +++ AcePerl-1.86/t/basic.t      Thu Jul 24 17:09:48 2003
 152 @@ -1,4 +1,4 @@
 153 -#!/usr/local/bin/perl -w
 154 +#!/usr/bin/perl -w
 155
 156  # Low level tests of connectivity
 157  ######################### We start with some black magic to print on failure.
 158 diff -burN AcePerl-1.86.orig/t/sequence.t AcePerl-1.86/t/sequence.t
 159 --- AcePerl-1.86.orig/t/sequence.t      Wed Apr  9 23:01:55 2003
 160 +++ AcePerl-1.86/t/sequence.t   Thu Jul 24 17:09:49 2003
 161 @@ -1,4 +1,4 @@
 162 -#!/usr/local/bin/perl -w
 163 +#!/usr/bin/perl -w
 164
 165
 166  # Tests of Ace::Sequence and Ace::Sequence::Feature
 167 diff -burN AcePerl-1.86.orig/t/update.t AcePerl-1.86/t/update.t
 168 --- AcePerl-1.86.orig/t/update.t        Wed Apr  9 23:01:55 2003
 169 +++ AcePerl-1.86/t/update.t     Thu Jul 24 17:09:48 2003
 170 @@ -1,4 +1,4 @@
 171 -#!/usr/local/bin/perl -w
 172 +#!/usr/bin/perl -w
 173
 174  # Tests of object-level fetches and following
 175  ######################### We start with some black magic to print on failure.