double_free.patch

   1 diff -dur freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153.orig/src/fweelin_block.cc freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153/src/fweelin_block.cc
   2 --- freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153.orig/src/fweelin_block.cc     2017-02-24 19:47:23.000000000 +0100
   3 +++ freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153/src/fweelin_block.cc  2017-03-17 11:14:39.000000000 +0100
   4 @@ -1000,7 +1000,10 @@
   5      BlockExtendedData *curxt = cur->xt;
   6      while (curxt != 0) {
   7        BlockExtendedData *tmpxt = curxt->next;
   8 -      delete curxt;
   9 +      if (curxt->GetType() == T_BED_ExtraChannel)
  10 +        ((BED_ExtraChannel *)curxt)->RTDelete();
  11 +      else
  12 +        delete curxt;
  13        curxt = tmpxt;
  14      }
  15
  16 diff -dur freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153.orig/src/fweelin_mem.h freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153/src/fweelin_mem.h
  17 --- freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153.orig/src/fweelin_mem.h        2017-02-24 19:47:23.000000000 +0100
  18 +++ freewheeling-4a03065f9d2f520cbd37dd560b4cae5685418153/src/fweelin_mem.h     2017-03-17 11:12:46.000000000 +0100
  19 @@ -132,12 +132,10 @@
  20      exit(1);
  21    };
  22    void operator delete(void *d) {
  23 -    //printf("ERROR: Preallocated type can not be deleted directly\n");
  24 -    //exit(1);
  25 -
  26 -    // We used to give an error message-
  27 -    // now we pass this delete on to RTDelete
  28 -    ((Preallocated *) d)->RTDelete();
  29 +    // cannot pass to RTDelete as this would end with two delete executed
  30 +    // and destructor called twice
  31 +    printf("ERROR: Preallocated type can not be deleted directly\n");
  32 +    exit(1);
  33    }
  34
  35    // Realtime-safe function to get a new instance of this class