MACS.spec

   1 Summary:        Model-based Analysis for ChIP-Seq
   2 #Summary(pl.UTF-8):     -
   3 Name:           MACS
   4 Version:        1.4.1
   5 Release:        1
   6 License:        Artistic
   7 Group:          Development/Languages/Python
   8 # user and password are "publicly" visible on the web page (ROT13)
   9 Source0:        http://macs:chipseq@liulab.dfci.harvard.edu/MACS/src/%{name}-%{version}.tar.gz
  10 # Source0-md5:  0b6490e37265d485e387b8323e810d3d
  11 URL:            http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/
  12 BuildRequires:  python-distribute
  13 BuildRequires:  rpm-pythonprov
  14 BuildRequires:  rpmbuild(macros) >= 1.710
  15 Requires:               python-modules
  16 BuildArch:      noarch
  17 BuildRoot:      %{tmpdir}/%{name}-%{version}-root-%(id -u -n)
  18
  19 %description
  20 Next generation parallel sequencing technologies made chromatin
  21 immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) a popular
  22 strategy to study genome-wide protein-DNA interactions, while
  23 creating challenges for analysis algorithms. We present Model-based
  24 Analysis of ChIP-Seq (MACS) on short reads sequencers such as Genome
  25 Analyzer (Illumina / Solexa). MACS empirically models the length of
  26 the sequenced ChIP fragments, which tends to be shorter than
  27 sonication or library construction size estimates, and uses it
  28 to improve the spatial resolution of predicted binding sites.
  29 MACS also uses a dynamic Poisson distribution to effectively capture
  30 local biases in the genome sequence, allowing for more sensitive and
  31 robust prediction. MACS compares favorably to existing ChIP-Seq
  32 peak-finding algorithms, is publicly available open source, and can be
  33 used for ChIP-Seq with or without control samples.
  34
  35 #%description -l pl.UTF-8
  36
  37 %prep
  38 %setup -q
  39
  40 # fix #!/usr/bin/env python -> #!/usr/bin/python:
  41 %{__sed} -i -e '1s,^#!.*python,#!%{__python},' bin/* setup.py
  42
  43 %build
  44 %py_build
  45
  46 %install
  47 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
  48 %py_install
  49
  50 %py_ocomp $RPM_BUILD_ROOT%{py_sitescriptdir}
  51 %py_comp $RPM_BUILD_ROOT%{py_sitescriptdir}
  52 %py_postclean
  53
  54 %clean
  55 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
  56
  57 %files
  58 %defattr(644,root,root,755)
  59 %doc ChangeLog NEW_IN_MACS14 README
  60 %attr(755,root,root) %{_bindir}/*
  61 %dir %{py_sitescriptdir}/MACS14
  62 %dir %{py_sitescriptdir}/MACS14/IO
  63 %{py_sitescriptdir}/MACS14/*.py[co]
  64 %{py_sitescriptdir}/MACS14/IO/*.py[co]
  65 %if "%{py_ver}" > "2.4"
  66 %{py_sitescriptdir}/MACS-*.egg-info
  67 %endif