parallel-netcdf-sh.patch

   1 --- parallel-netcdf-1.9.0/acinclude.m4.orig     2017-10-28 19:09:38.000000000 +0200
   2 +++ parallel-netcdf-1.9.0/acinclude.m4  2018-05-09 21:20:18.207727703 +0200
   3 @@ -1105,7 +1105,7 @@
   4          end module conftest
   5      ])]
   6  )
   7 -dnl ac_try='$F90 ${F90FLAGS} conftest.f90 ${F90LIBS}>&AS_MESSAGE_LOG_FD'
   8 +dnl ac_try='$F90 ${F90FLAGS} conftest.f90 ${F90LIBS} >AS_MESSAGE_LOG_FD 2>&1'
   9  dnl AC_TRY_EVAL(ac_try)
  10  if test -f conftest.${FC_MODEXT} ; then
  11     ac_cv_prog_f90_uppercase_mod=no
  12 @@ -1558,7 +1558,7 @@
  13  AC_DEFUN([UD_CHECK_PGF77],[
  14      AC_CACHE_CHECK([if Fortran 77 compiler is pgf77], [ac_cv_fc_compiler_pgf77],
  15      [ac_cv_fc_compiler_pgf77=no
  16 -     eval $MPIF77 -V </dev/null >& conftest.ver
  17 +     eval $MPIF77 -V </dev/null >conftest.ver 2>&1
  18       _F77_VENDOR=`head -c 5 conftest.ver`
  19       if test "x${_F77_VENDOR}" = xpgf77 ; then
  20          ac_cv_fc_compiler_pgf77=yes
  21 @@ -1578,7 +1578,7 @@
  22  AC_DEFUN([UD_CHECK_FC_NAG],[
  23      AC_CACHE_CHECK([if Fortran compiler is NAG], [ac_cv_fc_compiler_nag],
  24      [ac_cv_fc_compiler_nag=no
  25 -     eval $MPIF90 -V </dev/null >& conftest.ver
  26 +     eval $MPIF90 -V </dev/null >conftest.ver 2>&1
  27       _FC_VENDOR=`head -c 3 conftest.ver`
  28       if test "x${_FC_VENDOR}" = xNAG ; then
  29          ac_cv_fc_compiler_nag=yes
  30 --- parallel-netcdf-1.9.0/configure.ac.orig     2017-12-18 23:30:28.000000000 +0100
  31 +++ parallel-netcdf-1.9.0/configure.ac  2018-05-10 20:54:44.283425349 +0200
  32 @@ -189,34 +189,34 @@
  33  CANDIDATE_MPIF90="${MPIF90} mpif90"
  34
  35  dnl add IBM MPI compilers
  36 -CANDIDATE_MPICC+=" mpcc_r mpcc mpixlc_r mpixlc"
  37 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpCC_r mpCC mpixlcxx_r mpixlcxx mpixlC_r mpixlC"
  38 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpixlf77_r mpixlf77"
  39 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpixlf90_r mpixlf90"
  40 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC mpcc_r mpcc mpixlc_r mpixlc"
  41 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpCC_r mpCC mpixlcxx_r mpixlcxx mpixlC_r mpixlC"
  42 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpixlf77_r mpixlf77"
  43 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpixlf90_r mpixlf90"
  44
  45  dnl add IBM BGL MPI compilers
  46 -CANDIDATE_MPICC+=" blrts_xlc mpxlc_r mpxlc"
  47 -CANDIDATE_MPICXX+=" blrts_xlC mpxlC_r mpxlC"
  48 -CANDIDATE_MPIF77+=" blrts_xlf mpxlf_r mpxlf"
  49 -CANDIDATE_MPIF90+=" blrts_xlf90 mpxlf90_r mpxlf90 mpxlf95_r mpxlf95"
  50 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC blrts_xlc mpxlc_r mpxlc"
  51 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX blrts_xlC mpxlC_r mpxlC"
  52 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 blrts_xlf mpxlf_r mpxlf"
  53 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 blrts_xlf90 mpxlf90_r mpxlf90 mpxlf95_r mpxlf95"
  54
  55  dnl add Fujitsu MPI compilers
  56 -CANDIDATE_MPICC+=" mpifccpx"
  57 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpiFCCpx"
  58 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpifrtpx"
  59 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpifrtpx"
  60 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC  mpifccpx"
  61 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpiFCCpx"
  62 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpifrtpx"
  63 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpifrtpx"
  64
  65  dnl add Cray MPI compiler wrappers
  66 -CANDIDATE_MPICC+=" cc"
  67 -CANDIDATE_MPICXX+=" CC"
  68 -CANDIDATE_MPIF77+=" ftn"
  69 -CANDIDATE_MPIF90+=" ftn"
  70 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC  cc"
  71 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX CC"
  72 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 ftn"
  73 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 ftn"
  74
  75  dnl add Intel MPI compiler wrappers
  76 -CANDIDATE_MPICC+=" mpiicc icc"
  77 -CANDIDATE_MPICXX+=" mpiicpc icpc"
  78 -CANDIDATE_MPIF77+=" mpiifort mpiifc ifort"
  79 -CANDIDATE_MPIF90+=" mpiifort mpiifc ifort"
  80 +CANDIDATE_MPICC="$CANDIDATE_MPICC  mpiicc icc"
  81 +CANDIDATE_MPICXX="$CANDIDATE_MPICXX mpiicpc icpc"
  82 +CANDIDATE_MPIF77="$CANDIDATE_MPIF77 mpiifort mpiifc ifort"
  83 +CANDIDATE_MPIF90="$CANDIDATE_MPIF90 mpiifort mpiifc ifort"
  84
  85  dnl find the full path of MPICC from CANDIDATE_MPICC and MPI_INSTALL
  86  if test "x${ac_user_MPICC}" = x ; then
  87 @@ -233,7 +233,7 @@
  88        ERR_MSG="Specified MPI C compiler \"$ac_user_MPICC\" cannot be found"
  89     fi
  90     if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
  91 -      ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
  92 +      ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
  93     fi
  94     AC_MSG_ERROR([
  95     -----------------------------------------------------------------------
  96 @@ -311,7 +311,7 @@
  97           ERR_MSG="Specified MPI C++ compiler \"$ac_user_MPICXX\" cannot be found"
  98        fi
  99        if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 100 -         ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 101 +         ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 102        fi
 103        if test "x${enable_cxx}" = xyes ; then
 104           dnl --enable-cxx is explicitly set at command line
 105 @@ -412,7 +412,7 @@
 106
 107  if test "x${enable_strict}" = xyes; then
 108     if test "x${GCC}" = xyes; then
 109 -      CFLAGS+=" -Wall -Wstrict-prototypes -Wmissing-prototypes -Wundef -Wpointer-arith -Wbad-function-cast"
 110 +      CFLAGS="$CFLAGS -Wall -Wstrict-prototypes -Wmissing-prototypes -Wundef -Wpointer-arith -Wbad-function-cast"
 111     else
 112        AC_MSG_WARN([--enable-strict is for GNU compiler only])
 113        enable_strict=no
 114 @@ -447,7 +447,7 @@
 115           ERR_MSG="Specified MPI Fortran 77 compiler \"$ac_user_MPIF77\" cannot be found"
 116        fi
 117        if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 118 -         ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 119 +         ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 120        fi
 121        if test "x${enable_fortran}" = xyes ; then
 122           dnl --enable-fortran is explicitly set at command line
 123 @@ -488,7 +488,7 @@
 124           ERR_MSG="Specified MPI Fortran 90 compiler \"$ac_user_MPIF90\" cannot be found"
 125        fi
 126        if test "x$MPI_INSTALL" != x ; then
 127 -         ERR_MSG+=" under $MPI_INSTALL"
 128 +         ERR_MSG="$ERR_MSG under $MPI_INSTALL"
 129        fi
 130        if test "x${enable_fortran}" = xyes ; then
 131           dnl --enable-fortran is explicitly set at command line
 132 @@ -634,8 +634,8 @@
 133  if test "x${has_fortran}" = xyes ; then
 134     if test "x${enable_strict}" = xyes && test "x${GFC}" = xyes; then
 135        dnl not all Fortran compilers recognize -Wall
 136 -      FFLAGS+=" -Wall"
 137 -      FCFLAGS+=" -Wall"
 138 +      FFLAGS="$FFLAGS -Wall"
 139 +      FCFLAGS="$FCFLAGS -Wall"
 140     fi
 141     dnl AC_SUBST(FLIBS)
 142     dnl AC_SUBST(FCLIBS)
 143 @@ -746,14 +746,14 @@
 144     if test "x${ac_cv_fc_compiler_nag}" = xyes ; then
 145        dnl Add -mismatch if they are not set by users
 146        if ! echo "${FFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-mismatch" ; then
 147 -         FFLAGS+=" -mismatch"
 148 +         FFLAGS="$FFLAGS -mismatch"
 149        fi
 150        if ! echo "${FCFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-mismatch" ; then
 151 -         FCFLAGS+=" -mismatch"
 152 +         FCFLAGS="$FCFLAGS -mismatch"
 153        fi
 154        dnl Add -DNAGFortran
 155 -       FFLAGS+=" -DNAGFortran"
 156 -      FCFLAGS+=" -DNAGFortran"
 157 +       FFLAGS="$FFLAGS -DNAGFortran"
 158 +      FCFLAGS="$FCFLAGS -DNAGFortran"
 159     fi
 160
 161     dnl check Fortran parameter modifier for 8-byte integer type
 162 @@ -878,8 +878,8 @@
 163  dnl fi
 164
 165  UD_PROG_M4
 166 -M4FLAGS+=" -DPNETCDF"
 167 -M4FFLAGS+=" -DPNETCDF"
 168 +M4FLAGS="$M4FLAGS -DPNETCDF"
 169 +M4FFLAGS="$M4FFLAGS -DPNETCDF"
 170
 171  dnl AM_PROG_AR is first recognized/traced in autoconf 2.68
 172  dnl Use it only if we want support for unusual archivers such as Microsoft
 173 @@ -1249,31 +1249,31 @@
 174     dnl remove all -O and -fast flags
 175     dnl add -O0 to all flags
 176     if ! echo "${CFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 177 -      CFLAGS+=" -g"
 178 +      CFLAGS="$CFLAGS -g"
 179     fi
 180     CFLAGS=`echo $CFLAGS | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 181 -   CFLAGS+=" -O0"
 182 +   CFLAGS="$CFLAGS -O0"
 183
 184     if test "x${has_mpicxx}" = xyes ; then
 185        if ! echo "${CXXFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 186 -         CXXFLAGS+=" -g"
 187 +         CXXFLAGS="$CXXFLAGS -g"
 188        fi
 189        CXXFLAGS=`echo $CXXFLAGS | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 190 -      CXXFLAGS+=" -O0"
 191 +      CXXFLAGS="$CXXFLAGS -O0"
 192     fi
 193
 194     if test "x${has_fortran}" = xyes ; then
 195        if ! echo "${FFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 196 -         FFLAGS+=" -g"
 197 +         FFLAGS="$FFLAGS -g"
 198        fi
 199        if ! echo "${FCFLAGS}" | ${EGREP} -q -- "-g" ; then
 200 -         FCFLAGS+=" -g"
 201 +         FCFLAGS="$FCFLAGS -g"
 202        fi
 203
 204         FFLAGS=`echo $FFLAGS  | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 205        FCFLAGS=`echo $FCFLAGS | sed 's/-O. *//g' | sed 's/-fast *//g'`
 206 -       FFLAGS+=" -O0"
 207 -      FCFLAGS+=" -O0"
 208 +       FFLAGS="$FFLAGS -O0"
 209 +      FCFLAGS="$FCFLAGS -O0"
 210     fi
 211  fi
 212
 213 @@ -1394,7 +1394,7 @@
 214     dnl set default to "mpiexec -n NP"
 215     UD_MPI_PATH_PROGS([TESTMPIRUN], [mpiexec mpirun srun])
 216     if test "x${TESTMPIRUN}" != x ; then
 217 -      TESTMPIRUN+=" -n NP"
 218 +      TESTMPIRUN="$TESTMPIRUN -n NP"
 219     fi
 220  fi
 221