R.spec

   1 #
   2 # Conditional build:
   3 # _without_gnome        - without gnome support
   4 #
   5 Summary:        A language for data analysis and graphics
   6 Summary(pl):    Jêzyk do analizy danych oraz grafiki
   7 Name:           R
   8 Version:        1.6.1
   9 Release:        2
  10 License:        Mixed (distributable), mostly GPL
  11 Group:          Development/Languages
  12 Source0:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/base/%{name}-%{version}.tgz
  13 # Source0-md5:  7c9b8e8582812448aedd0322bcc135eb
  14 Source1:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/KernSmooth_2.22-8.tar.gz
  15 # Source1-md5:  6b1c0627c534e9229110dbde30dbeeec
  16 Source2:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/VR_7.0-9.tar.gz
  17 # Source2-md5:  95755187724901757f94d20875a1ea6c
  18 Source3:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/acepack_1.3-2.tar.gz
  19 # Source3-md5:  334452ea1a1ba351154aea9c4eb9912d
  20 Source4:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/boot_1.2-8.tar.gz
  21 # Source4-md5:  48f5bfbdd3b81dece8b206a660cd8e08
  22 Source5:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/bootstrap_1.0-11.tar.gz
  23 # Source5-md5:  7deba906ab0e88349c47a2fb3e8c5a9e
  24 Source6:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/cluster_1.6-2.tar.gz
  25 # Source6-md5:  4922165554622775c21889596041fe6c
  26 Source7:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/date_1.2-12.tar.gz
  27 # Source7-md5:  fbc71aba3c8401d7aede6f33d8c5c1aa
  28 Source8:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/e1071_1.3-5.tar.gz
  29 # Source8-md5:  c835647201dbe4d908841f733a735c33
  30 Source9:        ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/foreign_0.5-6.tar.gz
  31 # Source9-md5:  4a79983be6920326242f468a9184fccb
  32 Source10:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/fracdiff_1.0-8.tar.gz
  33 # Source10-md5: 58e196dcd8512e021bdb687b071c6dfb
  34 Source11:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/gee_4.13-10.tar.gz
  35 # Source11-md5: 7f32a7f7b022dd366d27482a3561d2a6
  36 Source12:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/grid_0.7-1.tar.gz
  37 # Source12-md5: 01cfb0d1c1fa134bb05b2844572edf8e
  38 Source13:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/lattice_0.6-6.tar.gz
  39 # Source13-md5: 588deaa2f8189dfdcc9ce0f3eafce6e2
  40 Source14:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/leaps_2.5.tar.gz
  41 # Source14-md5: 47567135b492a9ee3308b710e46264e5
  42 Source15:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/mgcv_0.8-6.tar.gz
  43 # Source15-md5: eeb171868243db04f0f5300df7dedbe6
  44 Source16:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/mlbench_0.5-7.tar.gz
  45 # Source16-md5: 00ea4e9ab190ff5c86fc692947d85667
  46 Source17:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/nlme_3.1-33.tar.gz
  47 # Source17-md5: 25870da409c0d6e0ef1b220e420dba0f
  48 Source18:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/oz_1.0-6.tar.gz
  49 # Source18-md5: 0582275bed974be04ad8c194d3c61b54
  50 Source19:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/polynom_1.1-10.tar.gz
  51 # Source19-md5: 427e486a667e051dab899e3580072c0f
  52 Source20:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/princurve_1.1-5.tar.gz
  53 # Source20-md5: d0092745f92687c54b055e2770fd6e5b
  54 Source21:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/quadprog_1.4-5.tar.gz
  55 # Source21-md5: 00c6b832f35632c80eadbaa700d54c73
  56 Source22:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/rpart_3.1-8.tar.gz
  57 # Source22-md5: 4b827ca24b940c86601df81ca19b55c8
  58 Source23:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/survival_2.9-6.tar.gz
  59 # Source23-md5: f50fdeb0574953b4deff399450cd0edd
  60 Source24:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/xgobi_1.2-7.tar.gz
  61 # Source24-md5: 6d1c3fb1c8f3bdcc00263ef21875c0eb
  62 Source25:       ftp://stat.ethz.ch/R-CRAN/src/contrib/Archive/integrate_2.2-3.tar.gz
  63 # Source25-md5: 40cc14374a0992871dd651d41289b3e6
  64 Source26:       %{name}.desktop
  65 URL:            http://stat.auckland.ac.nz/r/r.html
  66 BuildRequires:  autoconf
  67 BuildRequires:  automake
  68 BuildRequires:  libstdc++-devel
  69 BuildRequires:  gcc-c++
  70 BuildRequires:  gcc-g77
  71 BuildRequires:  perl >= 5.004
  72 BuildRequires:  libtool
  73 BuildRequires:  tetex-latex
  74 BuildRequires:  tetex-dvips
  75 BuildRequires:  tetex-pdftex
  76 BuildRequires:  zip
  77 BuildRequires:  XFree86-devel
  78 BuildRequires:  blas-devel
  79 BuildRequires:  libpng-devel >= 1.0.5
  80 BuildRequires:  libjpeg-devel >= 6b
  81 BuildRequires:  libxml-devel
  82 BuildRequires:  zlib >= 1.1.3
  83 BuildRequires:  readline-devel
  84 #BuildRequires: lpr
  85 %{!?_without_gnome:BuildRequires:       gnome-libs-devel}
  86 %{!?_without_gnome:BuildRequires:       ORBit-devel}
  87 %{!?_without_gnome:BuildRequires:       libglade-gnome-devel}
  88 Provides:       R-base
  89 Provides:       R-contrib
  90 BuildRoot:      %{tmpdir}/%{name}-%{version}-root-%(id -u -n)
  91
  92 %description
  93 A system for statistical computation and graphics. R consists of a
  94 language plus a run-time environment with graphics, a debugger, access
  95 to certain system functions, and the ability to run programs stored in
  96 script files.
  97
  98 The design of R has been heavily influenced by two existing languages:
  99 Becker, Chambers & Wilks' S and Sussman's Scheme. Whereas the
 100 resulting language is very similar in appearance to S, the underlying
 101 implementation and semantics are derived from Scheme.
 102
 103 %description -l pl
 104 System do obliczeñ statystycznych i grafiki. R sk³ada siê z jêzyka
 105 oraz ¶rodowiska uruchomieniowego z grafik±, debuggerem, dostêpem do
 106 niektórych funkcji systemowych oraz mo¿liwo¶ci± uruchamiania programów
 107 zapisanych w skryptach.
 108
 109 Jêzyk R by³ zainspirowany dwoma istniej±cymi jêzykami: S (Beckera,
 110 Chambersa i Wilksa) oraz Scheme (Sussmana). R jest podobny do S, ale
 111 implementacja i semantyka wywodzi siê ze Scheme.
 112
 113 %package base
 114 Summary:        The R base distribution
 115 Summary(pl):    Podstawowa dystrybucja R
 116 License:        GPL v2 / LGPL
 117 Group:          Development/Languages
 118 Requires(post): textutils
 119 Requires(post): perl
 120 Provides:       R-ctest R-eda R-lqs R-methods R-modreg R-mva R-nls R-splines
 121 Provides:       R-stepfun R-tcltk R-tools R-ts
 122
 123 %description base
 124 R is a language and run-time environment for carrying out interactive
 125 statistical data analysis. It is not entirely dissimilar to the S
 126 language developed at AT&T Bell Laboratories (and now Lucent
 127 Technologies). Indeed, S users will find the environment quite
 128 familiar and a good deal of S software will run without change under
 129 R.
 130
 131 %description base -l pl
 132 R jest jêzykiem i ¶rodowiskiem uruchomieniowym do interaktywnej
 133 analizy danych statystycznych. R nie jest ca³kowicie zgodny z jêzykiem
 134 S opracowanym w AT&T Bell Laboratiories (a teraz Lucent Technologies),
 135 mimo to u¿ytkownicy S zauwa¿± zbli¿one ¶rodowisko, a du¿a czê¶æ
 136 oprogramowania w S bêdzie dzia³a³a bez zmian w R.
 137
 138 %package recommended
 139 Summary:        Recommended contributed packages for the R language
 140 Summary(pl):    Zalecane dodatkowe pakiety do jêzyka R
 141 Group:          Development/Languages
 142 Provides:       R-KernSmooth R-VR R-boot R-cluster R-foreign R-grid
 143 Provides:       R-lattice R-mgcv R-nlme R-rpart R-survival
 144 License:        GPL, free or free for non-commercial use
 145 URL:            http://www.ci.tuwien.ac.at/R/
 146 Requires(post,postun):  R-base
 147 Requires(post,postun):  textutils
 148 Requires(post,postun):  perl
 149 Requires:       R-base >= %{version}
 150 Obsoletes:      R-survival4 R-MASS R-clus R-class R-nnet R-spatial
 151
 152 %description recommended
 153 Packages which extend the capabilities of the R base distribution and
 154 are distributed on the Comprehensive R Archive Network (CRAN).
 155
 156 %description recommended -l pl
 157 Pakiety rozszerzaj±ce mo¿liwo¶ci podstawowej dystrybucji jêzyka R,
 158 dystrubuowane w archiwum CRAN (Comprehensive R Archive Network).
 159
 160 %package contrib
 161 Summary:        Contributed packages for the R language
 162 Summary(pl):    Dodatkowe pakiety do jêzyka R
 163 License:        Mixed
 164 Group:          Development/Languages
 165 URL:            http://www.ci.tuwien.ac.at/R/
 166 Requires(post,postun):  R-base
 167 Requires(post,postun):  textutils
 168 Requires(post,postun):  perl
 169 Requires:       R-base >= %{version}
 170 Requires:       R-VR
 171 Provides:       R-acepack R-bootstrap R-date R-e1071 R-fracdiff R-gee
 172 Provides:       R-integrate R-leaps R-oz R-polynom R-princurve R-quadprog
 173 Provides:       R-xgobi
 174 Obsoletes:      R-principal.curve
 175
 176 %description contrib
 177 Packages which extend the capabilities of the R base distribution and
 178 are distributed on the Comprehensive R Archive Network (CRAN).
 179
 180 %description contrib -l pl
 181 Pakiety rozszerzaj±ce mo¿liwo¶ci podstawowej dystrybucji jêzyka R,
 182 dystrubuowane w archiwum CRAN (Comprehensive R Archive Network).
 183
 184 %package mlbench
 185 Summary:        Machine learning benchmarks
 186 Summary(pl):    Testy wydajno¶ci uczenia maszyny
 187 Group:          Development/Languages
 188 License:        GPL
 189 URL:            http://www.ics.uci.edu/~mlearn/MLRepository.html
 190 Requires(post,postun):  R-base
 191 Requires(post,postun):  textutils
 192 Requires(post,postun):  perl
 193 Requires:       R-base >= %{version}
 194
 195 %description mlbench
 196 R package which contains a collection of real-world datasets and
 197 functions for creating artificial datasets that work as benchmarks for
 198 machine learning methods.
 199
 200 %description mlbench -l pl
 201 Ten podpakiet R zawiera zestaw rzeczywistych danych i funkcji do
 202 tworzenia sztucznych danych s³u¿±cych jako test wydajno¶ci metod
 203 uczenia maszyny.
 204
 205 %prep
 206 %setup -q -c -n R-cran -T -b 1
 207 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 2
 208 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 3
 209 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 4
 210 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 5
 211 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 6
 212 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 7
 213 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 8
 214 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 9
 215 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 10
 216 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 11
 217 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 12
 218 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 13
 219 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 14
 220 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 15
 221 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 16
 222 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 17
 223 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 18
 224 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 19
 225 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 20
 226 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 21
 227 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 22
 228 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 23
 229 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 24
 230 %setup -q -c -n R-cran -T -D -b 25
 231 %setup -q
 232 #%setup -q -T -D -a 14
 233
 234 # These files have the path for PERL hard-coded as /usr/local/bin/perl
 235 # We need to remove them to avoid dependency problems
 236 rm -f ./doc/keyword-test.orig ./etc/undoc/R-funs.orig ./etc/undoc/extrExamp.orig
 237
 238 %build
 239 %{__aclocal}
 240 %{__autoconf}
 241 cp -f /usr/share/automake/config.* .
 242 %configure \
 243         %{!?_without_gnome:--with-gnome} \
 244         %{?_without_gnome:--without-gnome} \
 245         --without-tcltk
 246
 247 %{__make}
 248 %{__make} help
 249 %{__make} html
 250 %{__make} clean
 251
 252 # Install contrib packages
 253 #
 254 R_HOME=`pwd`;export R_HOME
 255 PERL5LIB=`pwd`/share/perl;export PERL5LIB
 256 cd ../R-cran
 257 for pkg in `ls`
 258 do
 259 ${R_HOME}/bin/INSTALL ${pkg}
 260 done
 261 cd ${R_HOME}
 262
 263 #Remove old template files.
 264 #
 265 for oldinfile in `find . -name '*.in' -print`
 266 do
 267         mv ${oldinfile} ${oldinfile}.old
 268 #       rm ${oldinfile}
 269 done
 270
 271 # Gather documentation from contrib packages in one directory
 272 # Assume that anything not in one of the standard directories is
 273 # documentation, and copy it.
 274 #
 275 mkdir ${R_HOME}/contrib
 276 cd ${RPM_BUILD_DIR}/R-cran
 277 for pkg in `ls`; do
 278         if [ -d ${pkg} ]; then
 279                 mkdir ${R_HOME}/${pkg}
 280                 for docfile in `ls ${pkg}`; do
 281                         case $docfile in
 282                                 INDEX) ;;
 283                                 TITLE) ;;
 284                                 R) ;;
 285                                 man) ;;
 286                                 src) ;;
 287                                 src-c) ;;
 288                                 data) ;;
 289                                 *) cp -R -P ${pkg}/${docfile} ${R_HOME};;
 290                         esac
 291                 done
 292         fi
 293 done
 294 cd ${R_HOME}
 295
 296 %install
 297 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
 298 install -d $RPM_BUILD_ROOT{%{_bindir},%{_mandir}/man1,%{_libdir}/R,%{_applnkdir}/Scientific/Numerics}
 299
 300 install %{SOURCE26} $RPM_BUILD_ROOT%{_applnkdir}/Scientific/Numerics/%{name}.desktop
 301
 302 mv doc/R.1 $RPM_BUILD_ROOT%{_mandir}/man1/
 303 sed "s,`pwd`,%{_libdir}/R,g" < bin/R > bin/R. ; mv bin/R. bin/R
 304 mv bin/R $RPM_BUILD_ROOT%{_bindir}/R
 305
 306 find . -name 'Makefile*' -exec rm -f {} \;
 307 rm -rf etc/*.old
 308
 309 cp -R AUTHORS afm bin doc etc include library modules share \
 310         $RPM_BUILD_ROOT%{_libdir}/R
 311
 312 %clean
 313 rm -rf $RPM_BUILD_ROOT
 314
 315 %post base
 316 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 317  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 318
 319 #%preun base
 320 ## These files are not owned by any package, so we have to remove them
 321 ## but only if this is the last version of R-base on the system.
 322 ##
 323 #if [ "$1" = 0 ];
 324 #then
 325 #       rm -f %{_libdir}/R/doc/html/search/index.txt
 326 #       rm -f %{_libdir}/R/doc/html/packages.html
 327 #fi
 328
 329 %post contrib
 330 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 331  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 332
 333 %postun contrib
 334 if [ -f ../bin/Rcmd ];then
 335 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 336  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 337 fi
 338
 339 %post recommended
 340 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 341  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 342
 343 %postun recommended
 344 if [ -f ../bin/Rcmd ];then
 345 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 346  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 347 fi
 348
 349 %post mlbench
 350 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 351  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 352
 353 %postun mlbench
 354 if [ -f ../bin/Rcmd ];then
 355 (cd %{_libdir}/R/library; umask 022; cat */CONTENTS > ../doc/html/search/index.txt
 356  R_HOME=%{_libdir}/R ../bin/Rcmd perl ../share/perl/build-help.pl --htmllist)
 357 fi
 358
 359 %files base
 360 %defattr(644,root,root,755)
 361 %{_mandir}/man1/R.1*
 362 %attr(755,root,root) %{_bindir}/R
 363 %dir %{_libdir}/R
 364 %{_libdir}/R/afm
 365 %attr(755,root,root) %{_libdir}/R/bin
 366 %{_libdir}/R/etc
 367 %{_libdir}/R/include
 368 %{_libdir}/R/share
 369 %{_libdir}/R/AUTHORS
 370 %dir %{_libdir}/R/library
 371 %{_libdir}/R/library/*.css
 372 %{_libdir}/R/library/base
 373 %{_libdir}/R/library/ctest
 374 %{_libdir}/R/library/eda
 375 %{_libdir}/R/library/lqs
 376 %{_libdir}/R/library/methods
 377 %{_libdir}/R/library/modreg
 378 %{_libdir}/R/library/mva
 379 %{_libdir}/R/library/nls
 380 %{_libdir}/R/library/splines
 381 %{_libdir}/R/library/stepfun
 382 %{_libdir}/R/library/tcltk
 383 %{_libdir}/R/library/tools
 384 %{_libdir}/R/library/ts
 385 %{_libdir}/R/modules
 386 %doc BUGS COPYRIGHTS FAQ NEWS README RESOURCES THANKS Y2K
 387 # %{_libdir}/R/doc %except %{_libdir}/R/doc/html/{packages.html,search/index.txt}
 388 %dir %{_libdir}/R/doc
 389 %{_libdir}/R/doc/[KRm]*
 390 %dir %{_libdir}/R/doc/html
 391 %{_libdir}/R/doc/html/*.css
 392 %{_libdir}/R/doc/html/[Ra-lr-u]*.html
 393 %{_libdir}/R/doc/html/packages-head.html
 394 %{_libdir}/R/doc/html/*.jpg
 395 %dir %{_libdir}/R/doc/html/search
 396 %{_libdir}/R/doc/html/search/[A-Z]*
 397 %ghost %{_libdir}/R/doc/html/search/index.txt
 398 %ghost %{_libdir}/R/doc/html/packages.html
 399 %{_applnkdir}/Scientific/Numerics/*
 400
 401 %files recommended
 402 %defattr(644,root,root,755)
 403 %{_libdir}/R/library/MASS
 404 %{_libdir}/R/library/class
 405 %{_libdir}/R/library/nnet
 406 %{_libdir}/R/library/spatial
 407 %doc VR
 408 %{_libdir}/R/library/KernSmooth
 409 %doc KernSmooth
 410 %{_libdir}/R/library/boot
 411 %doc boot
 412 %{_libdir}/R/library/cluster
 413 %doc cluster
 414 %{_libdir}/R/library/foreign
 415 %doc foreign
 416 %{_libdir}/R/library/grid
 417 %doc grid
 418 %{_libdir}/R/library/lattice
 419 %doc lattice
 420 %{_libdir}/R/library/mgcv
 421 %doc mgcv
 422 %{_libdir}/R/library/nlme
 423 %doc nlme
 424 %{_libdir}/R/library/rpart
 425 %doc rpart
 426 %{_libdir}/R/library/survival
 427 %doc survival
 428
 429 %files contrib
 430 %defattr(644,root,root,755)
 431 %{_libdir}/R/library/acepack
 432 %doc acepack
 433 %{_libdir}/R/library/bootstrap
 434 %doc bootstrap
 435 %{_libdir}/R/library/date
 436 %doc date
 437 %{_libdir}/R/library/e1071
 438 %doc e1071
 439 %{_libdir}/R/library/fracdiff
 440 %doc fracdiff
 441 %{_libdir}/R/library/gee
 442 %doc gee
 443 %{_libdir}/R/library/integrate
 444 %doc integrate
 445 %{_libdir}/R/library/leaps
 446 %doc leaps
 447 %{_libdir}/R/library/oz
 448 %doc oz
 449 %{_libdir}/R/library/polynom
 450 %doc polynom
 451 %{_libdir}/R/library/princurve
 452 %doc princurve
 453 %{_libdir}/R/library/quadprog
 454 %doc quadprog
 455 %{_libdir}/R/library/xgobi
 456 %doc xgobi
 457
 458 %files mlbench
 459 %defattr(644,root,root,755)
 460 %{_libdir}/R/library/mlbench
 461 %doc mlbench